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南溪书院坐落在尤溪县城关水南公山之麓，毓秀峰下，原为邑人郑安道故宅，建炎四年（1130）朱熹诞生于此。嘉熙元年（1237），为纪念朱松父子，县令李修改建为书院。德祐元年（1275），御赐"南溪书院"额。由宋至清，书院历经数度重修。现为省级文物保护单位。
郑安道，号义斋，南剑州尤溪县人。熙宁六年（1073）进土，官至金紫光禄大大。义斋馆舍是他在尤溪的南溪别墅。朱松任尤溪尉时，郑安道之子郑德与是尤溪知县，两人结为知交。靖康元年（1126年）八月朱松尤溪尉秩满，尤溪尉署不能再住，郑安道将义斋馆舍借给朱松居住。建炎四年（1130）五月，朱松因避叛兵乱携全家又从建州来到尤溪寓居在郑氏馆舍中，这默默无闻的寓所便成了一代"圣人"的诞生地，百年之后又成为南溪书院。
李修，江西临川（今属江西抚州）人，黄榦官临川令时，李修从之学。 嘉熙元年（1237）任尤溪知县，在郑氏故宅"作屋三楹，中设二先生祠"，两侧分别为景行斋和传心斋。淳祐五年（1245年），施偾增建讲堂于祠堂之右，名为会文堂。德祐元年（1275年），宋恭帝御赐"南溪书院"额。
元至正元年（1341年），佥事赵承禧以朱氏父子同祀一祠，于礼不合，遂命县人分建两祠，即文公祠和韦斋祠。明正统十三年（1448年），书院毁于战火之中。景泰二年（1451年），官府重修书院。明代宗亲颁朱熹像赞："德盛仁熟，理明义精；布诸方策，启我后人。"弘治十一年（1498年），知县方溥又加扩建。新建堂三间，中祀文公像，左右为两廊，前为厅事，东西为斋宿房。再前为半亩方塘，塘上构亭，通以石桥。临街为华表山门，门额为"闽中尼山"四大字。大门东为"毓秀坊"，西为"观书第"。正德五年，知县诸宏济增修堂舍，别立一室曰"韦斋"，并立天光云影亭于韦斋之外。
历史上的南溪书院，崇祀先贤的意义大于教学的意义，也就是说，南溪书院是属于那种祭祀型的书院，而不应以单纯讲学类型的书院视之。尤溪、建瓯、建阳等县朱熹公祭活动始于明景泰七年（1456年），是古代全国最早举行朱熹诞辰日官方祭祀朱熹的地方。如今，南溪书院已成为尤溪朱子文化城标志性的核心建筑。海内外的朱子学专家和朱子后裔几乎每年都派团参加在此举行的祭祀活动。凡此种种，正可谓传承了南溪书院的历史文化之长，展示了该书院的文化特色。
今存南溪书院，为近年所重建。
